Đúng là Đại Việt sử ký toàn thư có ghi:
“(Năm 1226)… Mùa thu, tháng 8, ngày mồng 10, Trần Thủ Độ giết Lý Huệ Tông ở chùa Chân Giáo. Trước đó, Thượng hoàng nhà Lý có lần ra chơi chợ Đông, dân chúng tranh nhau chạy đến xem, có người thương khóc. Thủ Độ sợ lòng người nhớ vua cũ, sinh biến loạn, cho dời đến ở chùa Chân Giáo; bề ngoài giả vờ là để phụng sự, nhưng bên trong thực ra là để dễ bề giữ chặt. Có lần Thủ Độ qua trước cửa chùa, thấy Huệ Tông ngồi xổm nhổ cỏ, Thủ Độ nói: “Nhổ cỏ thì phải nhổ cả rễ sâu”. Huệ Tông đứng dậy, phủi tay nói: “Điều ngươi nói, ta hiểu rồi”. Đến nơi, sai người bày biện hương hoa đến bảo (Huệ Tông): “Thượng phụ sai thần đến mời”. Thượng hoàng nhà Lý nói: “Ta tụng kinh xong sẽ tự tử”. Nói rồi vào buồng ngủ khấn rằng: “Thiên hạ nhà ta đã về tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày nay ta chết, đến khi khác con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế”. Bèn thắt cổ tự tử ở vườn sau chùa.
Thủ Độ ra lệnh cho các quan đến khóc, khoét tường thành phía nam làm cửa (người bấy giờ gọi là “cửa khoét”), đưa linh cữu ra phường Yên Hoa để thiêu, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông…”.
Đoạn sử trên đây có nhiều điều cần bàn.
Thứ nhất, từ hai câu đối đáp giữa Trần Thủ Độ và Lý Huệ Tông, đến Lý Huệ Tông tự tử, để nói Trần Thủ Độ giết Lý Huệ Tông là không thỏa đáng.
Thứ hai, lời khấn của Lý Huệ Tông trong phòng ngủ nếu có thì chỉ có Lý Huệ Tông biết và chắc chắn không đem ra kể lại, thế thì tại sao có người biết mà ghi ? Hơn nữa, Trần Thái Tông là con rể của mình, con cháu họ Trần sau này cũng chính là con cháu của Lý Huệ Tông, sao ông nỡ có lời khấn như vậy được. Cả hai câu đối đáp ở trên cũng có khả năng là sự đồn đại, không thể có xuất xứ từ một tài liệu tin cậy. Cần biết, do bối cảnh Đại Việt sử ký toàn thư được biên soạn vào thời Lê sau khi nhà Minh tiêu hủy gần hết sách vở tài liệu của các đời trước, vua Lê Thánh Tông đã cho phép sử quan tập hợp tất cả truyền thuyết, dã sử và các câu chuyện kể trong dân gian vào sử sách, nên có khả năng những đoạn như thế này được lấy từ những câu chuyện hư cấu.
Đại Việt sử ký toàn thư ghi tiếp:
“(Năm1232)… Trần Thủ Độ giết hết tôn thất nhà Lý. Khi ấy Thủ Độ chuyên chính lâu ngày, đã giết Huệ Tông, tôn thất nhà Lý đều bùi ngùi thất vọng. Mùa đông năm ấy, nhân người họ Lý làm lễ tế các vua Lý ở Thái Đường, Hoa Lâm, Thủ Độ ngầm đào hố sâu, làm nhà lên trên, đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết”. Tiếp theo đoạn này, Đại Việt sử ký toàn thư mở ngoặc: “Xét thời Trần Anh Tông còn có người họ Lý làm tướng, hơn nữa Phan Phu Tiên không ghi lại, việc này chưa chắc đã có thực, hãy tạm chép vào đây”. Ngày nay một “nghi án” mà không có tài liệu, không có “nhân chứng vật chứng” thì không thể kết tội, không kết tội được thì phải tuyên bố đương sự vô tội. Sử sách cũng vậy thôi, đã ghi một điều thì phải có nguồn dẫn tin cậy. Vấn đề là lâu nay khi giáo dục truyền bá lịch sử người ta thường không lưu ý đến câu mở ngoặc này của Ngô Sỹ Liên. Khi nghiên cứu lịch sử, nhiều nhà nghiên cứu cũng không để ý đến bối cảnh có chỉ dụ của Lê Thánh Tông. Để làm rõ hơn mối quan hệ kế thừa giữa nhà Trần và nhà Lý, có thể dẫn thêm một nguồn khác. Đó là An Nam chí lược của Lê Tắc. Dù Lê Tắc là người “có vấn đề”, nhưng An Nam chí lược chứa đựng những sử liệu hết sức quý giá, là cuốn sử cổ nhất của nước ta viết từ thời nhà Trần đến nay còn truyền bản. Đề cập đến Lý Huệ Tông và Trần Thừa (cha Trần Thái Tông), An Nam chí lược viết:
“(Trần) Thừa có công đánh giặc, xin cho con kết hôn với công chúa Chiêu Thánh. Vương (Lý Huệ Tông) bằng lòng”. Đến đoạn nói về Lý Chiêu Hoàng, An Nam chí lược viết: “Lên ngôi được một năm, năm Canh Dần (1230) trao quốc chính cho chồng là Trần Nhật Cảnh”. Và An Nam chí lược có một đoạn rất quan trọng: “Lúc nhà Lý truyền ngôi được ba đời, Vương Võ Xứng nhà Tống làm sách Đông Đô sử lược Giao Chỉ phụ lục có đoạn : (…) Nay họ Lý truyền ngôi tám đời 220 năm. Huệ Tông không con, truyền nước cho rể. Đến nay họ Lý vẫn được tế tự luôn luôn, kể sự may thì may biết bao nhiêu”. Dẫn như vậy để thấy nhà Trần đã kế thừa ngôi nhà Lý một cách danh chính ngôn thuận, không có lý do để “nhổ cỏ tận gốc”. Trần Thủ Độ, Trần Thái Tông, Trần Thánh Tông… đều là những anh hùng có công với nước, đặc biệt có có công trạng lẫy lừng trong cuộc kháng chiến chống đội quân xâm lược mạnh nhất hành tinh lúc bấy giờ là quân Nguyên - Mông. Không thể vì những đoạn sử thiếu căn cứ mà làm tổn hại đến uy danh của tiền nhân.
Đối với Trần Thủ Độ, ông một tay quán xuyến cơ nghiệp nhà Trần trong buổi đầu, dù quyền hành “nghiêng nước” nhưng ông quang minh lỗi lạc, chí công vô tư, dù cho hết lòng bảo vệ nhà Trần ông cũng không thể dùng thủ đoạn lừa dối để giết người bừa bãi như vậy được. Vả lại, Trần Thái Tông là con rể của Lý Huệ Tông và Trần Thánh Tông chính là cháu ngoại của Lý Huệ Tông. Nhà Trần, kể từ Trần Thánh Tông có một nửa dòng máu của họ Lý. Cho nên nói “Họ Lý vẫn được tế tự luôn luôn” là có cơ sở.